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磁力攪拌器利用磁性物質同性相斥的特性，通過不斷變換基座的兩端的性來推動磁性攪拌仔轉動，通過磁性攪拌子的轉動帶動樣本旋轉，使樣本均勻混合。通過底部溫度控制板對樣本加熱，配合磁性攪拌子的旋轉使樣本均勻受熱，達到指定的溫度。
一般的加熱磁力攪拌器都是在底盤設置加熱裝置，另外也會設置相應的裝置對加熱進行監控。工作的盤面會安裝有溫度傳感器(也稱熱點耦)，儀器不會加熱介質，可根據實驗要求對溫度進行調整。
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加熱磁力攪拌器不可用于危險的環境中攪拌易爆的物質或水下操作使用儀器。應保證只有受過相關訓練的人員才能使用儀器。注意避免儀器電源線觸及底盤。根據除處理介質的種類佩戴合適的防護設備。儀器不能用于室內處理有爆炸危險的介質，應放置于不可燃或者防火的臺面。
使用時應該考慮磁場對周圍環境的影響，如數據存儲器、心臟起搏器。儀器工作時盤面溫度高可達幾百攝氏度，觸摸儀器外殼和盤面時小心燙傷，儀器關閉后，也要注意余熱。加熱和冷卻時，由于物質的膨脹可能會發出輕微的聲音。